Seit 1996 ist das Grabenmuseum im Bürgerturm regelmäßig für die Bevölkerung geöffnet. Viele Schulklassen besuchten es seither im Rahmen des Heimatkundeunterrichts und bei diversen Stadtführungen wurde es auch auswärtigen Besuchern gezeigt. Dazu fanden Ausstellungen junger Künstler, Dichterlesungen und Musikdarbietungen statt. Von 2001 an wurden regelmäßige Sonderausstellungen unter dem Motto „Freising – einst und jetzt“ organisiert. Dabei wurde abwechselnd über die Geschichte von Freisinger Gaststätten, Geschäften, Handwerksbetrieben und Organisation berichtet.

1893 wurde der „an seinem Sehvermögen bedeutend geschwächte“ Schuhmachersohn Jakob Aschenbrenner in den Bürgerturm eingewiesen. Er hätte eigentlich Aufnahme im Heiliggeistspital finden sollen, hat sich dort aber „sehr unbotmäßig, grob und undankbar benommen und sich durch Trunkenheit und Nachtschwärmerei“ ausgezeichnet.

Weil er sich der „Wohlthaten“ des Spitals unwürdig erwiesen habe, wurde er in den Bürgerturm ausgewiesen. Die Wohnung wurde mit einer Bettstelle, Strohsack, Federkissen, Wolldecke, Stuhl und Tisch versehen.

Auch der ledige Schuhmachergeselle Corbinian Ehrenwirth war schon 1890 im Spital in Ungnade gefallen, weil er „ein höchst streitsüchtiger, rebellischer und unzufriedener Mensch ist, der es nur darauf absieht, Uneinigkeiten und Händel unter den Spitalbewohnern zu stiften“ und „überhaupt der Wohlthaten des Spitales nicht werth ist“.

Er musste deshalb in den Bürgerturm ziehen, ihm wurde jedoch zugestanden, sich „die Kost“ weiterhin in der Spitalküche zu holen.

Gezwungenermaßen in den Bürgerturm ziehen musste 1904 auch Martin Ehrmaier. Wegen seines „rohen Benehmens“ war auch er aus dem Spital geworfen worden, wurde aber dort ebenfalls weiter verköstigt.

Ein schlimmer Finger scheint auch der ehemalige Fuhrmann Anton Nißlbäck gewesen zu sein, dem im Februar 1855 „wegen seinem exzessiven Betragen und getrübten Leumunde“ die Aufnahme in das Heiliggeistspital verwehrt wurde.

Er wird in den Bürgerturm eingewiesen, seine Akten werden dem „Armenpflegschaftsrath“ übergeben. Doch noch im gleichen Monat erhält Nißlbäck wegen neuerlicher Exzesse einen 14tägigen Polizeiarrest, verbunden mit der Auflage, ihn anschließend in die Zwangsarbeitsanstalt nach Ebrach zu bringen, da er unverbesserlich erscheint. Das scheint aber nicht so recht geklappt zu haben, denn im März wird Nißlbäck „wegen Vagierens“ aufgegriffen und ihm ein „4 wöchentlicher Polizeiarrest zuerkannt“.

Grund dafür, heißt es im Magistratsbeschluss, seien nicht nur die miserablen Reinlichkeitsverhältnisse, sondern auch „die Sicherheitsverhältnisse der Stiegen und Treppen und die Verhältnisse der Wohnungen selbst in Bezug auf Licht- und Luftzufuhr“. Es bestehe die Gefahr, dass die Stadt in Haftung genommen werde, wenn es wegen der mangelhaften Treppenverhältnisse zu einem Unfall komme.

Als weiterer Missstand wurde angeführt, dass nicht einmal ein Aborthäuschen im Hofraum aufgestellt werden könne, weil das Nießbrauchsrecht des Gartens einer Witwe zustehe, die nicht gewillt sei, in ihrem Garten „derartige Vorrichtungen“ aufstellen zu lassen.

Der Magistrat beschloss in der gleichen Sitzung, den schon seit Jahr gehegten Gedanken zu realisieren, ein Armenhaus zu errichten und dafür das in einem Fonds angesparte Geld zu verwenden. Werde der Bau verwirklicht, bestehe kein Anlass mehr, den Bürgerturm für Wohnzwecke zu nutzen. Der Bürgerturm selbst solle aber erhalten bleiben, hieß es, und auch nicht an Dritte verkauft werden.

Das brachte Magistratsrat und Feuerwehrkommandant Werkmeister auf eine Idee. Er sah den Bürgerturm bestens geeignet für die Trocknung der Feuerwehrschläuche und regte beim Stadtbauamt eine entsprechende Prüfung seines Anliegens an.

Der Bürgerturm war aber mittlerweile völlig heruntergekommen. Stadtjugendführer Korbinian Weiß schrieb am 21. September 1948 an die Stadt, dass der Zustand der vier Kammern und des Treppenhauses „zunächst eine Verwendung der Räumlichkeiten als Gruppenheime“ ausschließe.

Aus Rücksicht auf die finanzielle Notlage der Stadtkasse bot er an, dass die Jugend „aus eigener Initiative und unter eigenen Opfern“ den Bürgerturm so weit instand setzt, dass „die Kammern noch vor Winterbeginn als Gruppenheime benutzt werden können“. Voraussetzung sei allerdings, dass der Mietvertrag von zwei auf zehn Jahre verlängert werde. OB Max Lehner genehmigte am 19. Oktober 1948 dieses Anliegen, die jungen Leute gingen mit Begeisterung ans Werk und schon bald konnte Weihbischof Johannes Neuhäusler das Gruppenheim einweihen. Weil die katholische Jugend viel Geld und Zeit investiert hatte – die Unkosten beliefen sich ohne Eigenleistung auf fast 400 Mark – bat sie um einen Mietnachlass. Der Verwaltungsausschuss zeigte sich großzügig und verlangte von Oktober 1949 an nur noch eine jährliche Anerkennungsgebühr von zehn Mark.

Von 1950 an hielten dann die Kolpings-Jugend, die Marianische Studentenkongregation, die Neudeutschland-Gruppe Tarcisius, die Gruppe Quickborn, die Pfadfinder, die Jungmannschaft, die Jungenschaft und die Jungschar im Bürgerturm ihre Gruppenstunden ab.

Als im Pfarrhof am Rindermarkt Gruppenräume eingerichtet wurden, wurde der Bürgerturm von 1963 an nicht mehr genutzt.

1977 genehmigte der Stadtrat schließlich dem Bund Naturschutz die „unentgeltliche Überlassung des Bürgerturms für Zwecke der Jugendarbeit“. Bis 1993, dann musste die BN-Jugend ausziehen.